Cumhuriyet Üniversitesi Biyokimya ve Biyokimyagerlik Semineri 17 Mart 2015

Sivas Cumhuriyet Üniversitesinde Biyokimyagerlik Semineri

Cumhuriyet Üniversitesi Biyokimya Kulübü ve Fen Fakültesi Öğrenci Temsilciliği ortak etkinliği olarak Biyokimyagerler Derneği Yönetim Kurulu Başkanı , Biyokimyager Alper Tolga Eker 17.03.2015 tarihinde Saat 15:00'da C.Ü Fen Fakültesi Erfüz Edgüer Konferans salonunda seminer verecektir.

Seminer içeriği Türkiyede Biyokimya bölümünün iş olanakları,sıkça karşılaşılan sorunlar,kadro verilmemesi gibi birçok soruna ve özel sektörde veya devlette ne gibi iş imkanlarının bulunduğu konusunda bilgiler verilecektir.

Biyokimya Bölümü 1999 yılında Ege Üniversitesine,2011 yılında Sivas Cumhuriyet Üniversitesine ve 2012 yılında ise Kütahya Dumlupınar Üniversitesine açılmıştır.

Kısaca Biyokimya mesleğinin tanımına ve iş alanlarına ulaşmak için buraya tıklayabilirsiniz.

Devamı...

DNA İzolasyonu nasıl yapılır

 Temelde 3 aşamadan meydana gelir;

—Hücre duvarının parçalanması.

—DNA-Protein kompleksinin çözülmesi.

—DNA’nın ortamdaki diğer moleküllerden ayrılması.

  Değişik organizmalardaki yapısal farklılıklar çeşitli izolasyon yöntemlerinin kullanılmasını gerektirebilir.

Genin Elde Edilmesi

A. İstenilen genin yer aldığı kromozom uygun Restriksiyon Endonükleaz Enzimleri ile parçalanır.

— Bu enzimler DNA’yı 6-8 taban çiftinden oluşan ve “palindrom” adı verilen özgül bölgelerden keser.

—Palindrom; DNA ipliğinin 3’ ucundan itibaren okunduğunda aynı nükleotidlerin yer aldığı DNA dizileridir.

—Enzimler DNA üzerinde 2 türlü kesi yapar. Biri yapışkan uçlar oluşturan, diğeri palindromların tam ortasından yapılan ve kör ya da küt(blunt) uçlar oluşturan kesilerdir.

B. İstenilen genler orijinal kromozomdan mekanik yol ile edilebilir.

C. Sentetik olarak elde edilebilir.

D. İstenilen gene ait mRNA’dan reverse transkriptaz enzimi yardımı ile cDNA (komplementer DNA) elde edilebilir.

DNA Parçalarının Vektörler İle Birleştirilmesi;

—Vektörler, kendilerine takılan DNA parçasını nakleden ve replike eden taşıyıcı DNA molekülleridir.

—Bir DNA molekülünün vektör olarak kullanılabilmesi için birtakım özelliklere sahip olması gerekir;

a.Kendini ve taşıdığı herhangi bir DNA parçasını bağımsız olarak replike edebilmelidir.

b.Klonlanacak DNA parçasının insersiyonuna olanak tanıyan birçok tanıma dizisi içermelidir.

c.Vektörde seçicilik sağlayan “marker genler” bulunmalıdır. Bunlar, vektör taşıyan ve taşımayan konak hücreleri ayırmak için gereklidir.

d.Vektör ve vektörün taşıdığı DNA parçası konaktan kolaylıkla ayrıştırılabilmelidir.— Konak özgüllüğü,

—Taşıdıkları parçanın büyüklüğü,

—Kopya sayıları,

—Tanıma dizilerinin sayıları,

—Marker genlerinin tipi ve sayıları

—

    gibi özellikleri açısından birçok farklı klonlama vektörü vardır.

Başlıca Vektörler;

—Plasmidler

—Bakteriyofajlar

—Cosmidler

—Bakteri Yapay Kromozomları (BAC)

—Maya Yapay Kromozomları (YAC)

—Memeli Yapay Kromozomları (MAC)

—İnsan Yapay Kromozomları (HAC)

—İfade Vektörleri

  Virüsler canlı hücrelere girebilirler ve çoğalabilirler. Bir kromozomal gen, viral genom içerisine sokulursa, gen virüs DNA’sı ile birlikte replikasyona uğrar ve çoğalır. Lambda fajının genlerinin hepsi tanımlanmış, tüm genomunun haritası çıkarılmış ve nükleotit dizisi belirlenmiştir. ʎ fajının genetik olarak değiştirilmiş suşları vektör olarak kullanılır.

Devamı...

Protein Mühendisliği Uygulamaları

    Fersht ve ark. İndole-3-glycerol phosphate synthase(IGPS) ‘den yola çıkarak phosphoribosylanthranylate isomerase(PRAI) elde etmişlerdir. Yönlendirilmiş evrimin bu çarpıcı uygulaması aynı zamanda enzim evriminde ‘conserved scaffold’ hipotezinin de test edilmesini sağlamıştır.

    Reetz ve ark. Pseudomonas  aeruginosa’dan elde edilen bir lipazın 2-metildekanoata enantio seçiciliğini yönlendirilmiş evrim tekniğini kullanarak artırmayı başarmışlardır. Mutant kütüphanesinin taranmasında  saf(R)- ya da (S)-p-nitrofenil ester kullanmışlardır. Mutant enzimde aktif merkez dışındaki beş a.asidin yer değiştirdiği ve böylece aktif merkez dışındaki loopların flexibilitesinin enantioseçiciliğe katkıda bulunduğu anlaşılmıştır.     Bir enzimin termal stabilitesindeki artışa aktivite kaybının eşlik edeceği yönündeki yaygın kanıya rağmen, psycrophilic subtilisin proteazının termal stabilitesi 60 C ye çıkarılmış ve 10 C deki aktivitesi de korunmuştur. Bu çalışmada psycrophilic ve mesophilic enzimler arasındaki %30-80 lik amino asit farklılığına karşın mutant enzimin sadece 7 amino asit değişimi içerdiği görülmüştür.(Miyazaki ve ark 2000)  Maxygen(USA) ve Novo Nordisk(Danimarka) araştırmacıları eşzamanlı olarak  family-shuffled subtilisin kütüphanesinde  dört parametre taramış- 23 C de aktivite, termal stabilite, organik çözgen toleransı ve  pH profili- herbir parametre için  dikkate değer iyileşmeler gözlemlemişlerdir.    Rasyonel protein dizaynına ilişkin örnekler ise ;

  -alfa amilazın termal stabilitesini artırmak için asparagin artıklarının uzaklaştırılması, rijid karaktere sahip prolin artığının eklenmesi ,

  - Lizozimin termal stabilitesini artrmak için disülfid köprülerinin eklenmesi,

  -3-izopropil malat dehidrogenazın termal stabilitesini artırmak için  hidrofobik çekirdeğin güçlendirilmesi,

  - Format dehidrogenazın oksidasyon stabilitesini artırmak için Met ve Cys artıklarının uzaklaştırılması ise olumlu sonuçlar vermiştir.

Devamı...

KORDON KANINDAKİ KÖK HÜCRELERİ KIYMETLİ KILAN NEDİR ?

¢Çok canlıdırlar ve değişik hücre cinslerine, vücut dokularına dönüşebilirler.

¢Gelecekte kullanım alanları için mükemmel bir altyapı oluşturmaktadırlar. Çünkü, kendi kök hücreleriyle büyütülen doku, vücudun bağışıklık sistemi tarafından atılmaz. Bundan dolayı şimdiye kadar tedavi edilemeyen hastalıkların tedavisi için yeni imkanlar sunmaktadır.

¢Kemik iliğindeki kök hücrelere göre çok daha dayanıklı ve uzun ömürlüdürler.

¢Genel olarak tümör hücresi ve virüs barındırmazlar.

¢Anne ve çocuk için basit, ağrısız ve risksiz olarak elde edilirler.

¢Ömür boyu saklanabilirler.

¢Aile içi kullanımlarda, az doku uyuşmazlıklarında dahi kullanılabilirler.

¢Embriyonal kök hücrelere kıyasla çok yönlü, ama etik olarak sakıncasızdırlar.

Devamı...

HEMATOPOETİK KÖK HÜCE KAYNAKLARI NELERDİR ?

Kemik İliği: Kök hücrelerin klasik kaynağı kemik iliğidir. 40 yıldır doktorlar kemik iliğinden, donorden anestezi altında genelde kalça kemiğinden iğne yardımı ile kemik iliği hücreleri elde etmektedirler. Bu hücrelerin her 100.000 de biri uzun vadede kan elemanlarını oluşturan kök hücrelerdir, diğerleri stromal hücreler, stromal kök hücreler, kan progenitor hücreleri, ve matür beyaz ve kırmızı hücrelerdir.

Periferik Kan: Son zamanlarda hekimler klinik transplantasyon için kök hücreleri dolaşımdaki kandan elde etmeyi tercih ediyorlar. Yıllardır dolaşımdaki kök hücre ve öncü hücre sayısı az olarak bilinirdi, fakat son 10 yılda bilim adamları kök hücrelerin kemik iliğinden dolaşıma geçmesini sağlayan granülasit stimule edici faktör gibi sitokinler yardımı ile bu sayıyı arttırdılar.Bu işlem için donöre kök hücreler elde edilmeden birkaç gün önce GCSF enjekte edilir. Hücreleri toplamak için donörün venine bir tüp takılır,kan CD34+ hücrelerini çeken bir bir filtrenin içinden geçirilir ve kırmızı hücreler tekrar hastaya verilir.

Umblikal Kord Kanı: 1980’lerin sonu ve 1990’ların başında bilim adamları insan umblikal kordon kanı ve plasentanın hemotopoetik kök hücreler açısından zengin bir kaynak olduğunu fark ettiler. Bu doku (plasenta) gebelik boyunca gelişmekte olan fetusu besler, bebekle birlikte doğar ve çöpe atılır idi. Fankoni anemili bir çocuğa yapılan başarılı bir kordon kanı transplantasyonundan sonra bu hücrelerin toplanması ve tedavide kullanımı arttı. Bugün kordon kanının çoğaltılması ve kemik iliği kök hücreleri ile arasındaki farklar ve kıyaslamalarla ilgili pek çok çalışma yürütülmektedir.Bugün kordon kanı kök hücrelerinin multiple germ tabakası hücrelerine (multipotent), hatta endoderm, ekdoderm, ve mesoderm gibi tüm germ tabakası hücrelerine (pluripotent) dönüşebileceği iddia edilmektedir.

Devamı...

E.Coli’de laktoz operonun düzenlenmesi

GEN EKSPRESYONU’nun Düzenlenmesi•E. coli enerji kaynağı olarak glukozu tercih eder, glukoz olmadığında laktozu da kullanabilir.• Laktoz metabolizması için üç enzim gereklidir.•Laktozun varlığı, bu enzimlerin üretimini uyarır.
•Laktoz bir aktivatördür. Üretilen enzimler de aktive edilendir.

•YAPISAL GENLER: Enzimlerin birincil yapısını şifrelemek ile görevli olan enzimlerdir.

•OPERATÖR: komşu genin transkripsiyonunu kontrol eden kısa DNA bölgesi. Repressör proteinin bağlandığı DNA dizisidir ve bu diziye repressörün bağlanması komşu olduğu  promotordan transkripsiyonu önler.

•PROMOTOR: RNA polimerazın bağlanarak transkripsiyonu başlattığı dizi.

Devamı...

Cumhuriyet Üniversitesinde Mesleki Dünya Standartları Semineri Verildi

​Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Fen Fakültesi Öğrenci Temsilciliği tarafından Mesleki Dünya Standartları Semineri Verildi.

Seminere katılan TSC Akademi Eğitim Sorumlusu Gökhan BÜYÜKPOLAT Fen Fakültesinde okuyan Biyokimya,Biyoloji,Kimya,Moleküler Biyoloji ve Genetik, Kimya Mühendisliği ve Eczacılık fakültesi öğrencilerine yönelik meslek hayatlarında kullanacakları ,Kalite Standartları,İyi Laboratuvar Uygulamaları,İyi Hijyen Uygulamaları,İyi Üretim Uygulamaları gibi Dünya çapında geçerli olan kalite standartları hakkında bilgi verdi.Konuşmacı Gökhan Büyükpolat bu kalite sertifikaları ve eğitimleri almadan iş hayatlarında ne gibi zorluklarla karşılaşabileceklerini hatta işsiz bile kalabilecekleri hakkında örnekler verdi.

Fen Fakültesi Öğrenci Temsilciliği ve Biyokimya Kulübü olarak ortak düzenlenen seminere yaklaşık 200 öğrenci katıldı. Seminer Fen Fakültesi Erfüz Edgüer Konferans salonunda gerçekleşti. Konferansa Biyokimya Bölümü Prof.Dr Şenay ÇETİNUS ve Biyokimya Bölümü Yar.Doç. Demet BAYBAŞ'ta katıldı.

Konuşmacı Gökhan BÜYÜKPOLAT bu etkinliği düzenlenmesinde katkısı olan Cumhuriyet Üniversitesi Öğrenci Konsey Başkan Yardımcısı, Fen Fakültesi Öğrenci Temsilcisi ve Aynı zamanda Biyokimya Bölümü Bölüm Temsilcisi olan Emre DEMİR'e teşekkür etti.

Devamı...

Hemoglobin Nedir?

Kırmızı kan hücrelerinde (alyuvarlarda) bulunan, kanın oksijen ve karbondioksit taşıma işini yapmasında görevli,demir ihtiva eden solunum pigmenti. Alyuvarlara kırmızı rengini, sağlıklı kişilerin cildine pembe görünüşü veren bu maddedir. Omurgalılar ile bazı omurgasız hayvanların gaz taşıma pigmentidir. Diğer hayvanlar başka pigmentlere sahiptir

Hemoglobinin ana görevi dokular ile akciğer arasında oksijen ve karbondioksit taşınmasını temin etmektir. Nefes alma esnasında akciğerlere giren havanın oksijeni kandaki hemoglobin tarafından bağlanır. Hemoglobinin oksijenle yaptığı bu gevşek bileşiğe oksihemoglobin denir. Dokulara ulaştığında ise, oksijeni bırakıp karbondioksiti alır. Bu özelliğinden dolayı atardamarla gelen kan parlak kırmızı, toplardamarla dönen kan ise kirli kırmızıdır. Karbondioksit yüklenmiş kan kılcal damarlardan toplardamarlara, bunlar vasıtasıyla kalbin sağ kulakçık ve karıncığına, oradan da akciğerlere gider. Akciğerde karbondioksit serbest hale geçer ve nefes verme esnasında dışarı atılır. Dokularda teşekkül eden karbondioksitin atılmasında bir güçlük olur ve vücutta karbondioksit birikimi olursa, vücut hücrelerinin yaşamaları çok zorlaşır.

Hemoglobinin oksijen ve karbondioksit gazlarını taşıma görevi, organ ve dokuların normal görevlerini yapabilmeleri için hayati öneme sahiptir. Gaz değişimi hadisesi iki gazın dokular ve solunum havasındaki miktarlarına göre ayarlanmıştır. Akciğerlerde soluduğumuz havada oksijen fazla, karbondioksit düşük olduğundan, oksijeni alıp karbondioksiti bırakır. Dokularda ise oksijen kullanılıp karbondioksit meydana gelir. Burada fazlalaşan karbondioksit kana geçer. Bu olay, gazların kandaki kısmi basınçları ile orantılı olarak ortaya çıkan bir diffüzyon (geçişim) hadisesidir.

Hemoglobin molekülü iki kısımdan ibarettir. Birincisi vücuttaki protein havuzunda sentezlenen dört polipeptid zincirli bir protein olan globin; ikincisi ise, ortasında demir bulunduran porfirin halkalarıdır. Hemoglobinin yapısına girdiğinden demir eksikliğinde kandaki hemoglobin miktarı azalır. Hamilelikte ve çeşitli sebeplerle meydana gelen kan kayıplarında ve kansızlıklarda hekimin hastalara demirli ilaçlar tavsiye etmesinin sebebi budur.

Hemoglobin miktarı 100 mililitre kanda erkeklerde ortalama 15, kadınlarda ortalama 13 gramdır. Doğumdan hemen sonra bebekteki hemoglobin miktarı 20 gram dolaylarındadır. Bunun yarısından fazlası ayrı bir hemoglobin türü olan cenin hemoglobinidir. Yetişkinlerde bulunan asıl hemoglobin

"Hemoglobin a 1 " denilen şekildir. Bazı hemoglobin hastalarında (Hemoglobinopati) kandaki normal hemoglobin miktarı azalır ve patolojik (anormal) hemoglobinler artar.

Hemoglobinin yıkımı, yaşlanan alyuvarların parçalanmasıyla başlar. Açığa çıkan hemoglobinden önce hemkısmından globin>globin kısmı ayrılır. Hem yapısı oksidasyona uğrayarak biliverdin maddesi meydana gelir. Bumadde de bir ferment yardımı ile sarılıklarda kanda artan bilirübine dönüşür.

Sözlükte "hemoglobin" ne demek?

1. Soluk alma aygıtıyla organizmanın gözeleri arasında oksijen ve karbon gazını iletmeyi sağlayan; bileşiminde demir, azot, oksijen, hidrojen, kömür ve kükürt bulunan alyuvarların en önemli maddesi.

Hemoglobin kelimesinin ingilizcesi

n. substance in red blood cells which conveys oxygen from the lungs to body tissues
n. hemoglobin, haemoglobin [Brit.]
Köken: Fransızca

Devamı...

Cumhuriyet Üniversitesinde Mesleki Dünya Standartları Semineri

★BİYOKİMYA KULUBÜ★
★FEN FAKÜLTESİ ÖĞRENCİ TEMSİLCİLİĞİ★


YER : Fen Fakültesi Erfüz Edgüer Konferans Salonu
SAAT : 13:00
KATILIM : ****ÜCRETSİZ***

/////SEMİNERE KATILAN TÜM KATILIMCILAR TSC AKADEMİ'NİN YAPACAĞI EĞİTİM PROGRAMLARINDAN 25 TL'LİK İNDİRİM KAZANACAKTIR.////

KİMLER KATILMALI : TÜM SAĞLIK/GIDA/İLAÇ/ÇEVRE SEKTÖRÜ ÇALIŞANLARI ÖĞRENCİ VEYA MEZUNLARI

HANGİ BÖLÜMLER GELMELİ ? ;

*BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
*BİYOKİMYA BÖLÜMÜ
*KİMYA BÖLÜMÜ
*MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK BÖLÜMÜ
*VETERİNERLİK BÖLÜMÜ
*ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ
*GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ
*VE SAĞLIK,İLAÇ,MEDİKAL SEKTÖRDE CALISMAK İSTEYEN TÜM ÖĞRENCİ VE MEZUNLAR

SEMİNER KONULARI ;

*DÜNYA STANDARTLARI NEDİR ?
*MESLEĞİNİZE EN UYGUN DÜNYA STANDARTLARI NELERDİR ?
*EĞİTİMLERİN ÖNEMİ
*İŞLEYİŞ
*İŞ İLANLARINDA AVANTAJLARI
*MESLEKİ YETKİNLİK
*KARİYER ALANLARI VE FIRSATLARI
*BİLİNMEYEN ÇALIŞMA ALANLARI

TSC AKADEMİ EĞİTİM KORDİNATÖRÜ ;
UZMAN BİYOLOG,GÖKHAN BÜYÜKPOLAT

Devamı...