2015 Nobel Kimya Ödülünü Alan Türk Prof.Dr Aziz Sancar

Aziz Sancar Nobel Kimya Ödülünü aldı

Aziz Sancar'dan bugün Türkiye'ye çok güzel haber geldi. 2015 Nobel Kimya ödülünü Türk bilim insanı Prof. Dr. Aziz Sancar, Tomas Lindahl ve Paul Modrich aldı.
Aziz Sancar, Mardin'in Savur İlçesinde, okuma yazma bilmeyen ancak eğitime önem veren sekiz çocuklu bir anne-babanın çocuğu olarak doğdu.İstanbul Tıp Fakültesi'ni bitirdi. Yurtdışında yaptığı çalışmalarla Amerikan Ulusal Bilimler Akademisi'ne kabul edilen üç Türk'ten biri oldu.
Aziz Sancar, HDP milletvekili Mithat Sancar'ın da akrabası. Ağabeyi Tahir Sancar, Mithat Sancar için "Yeğenimiz olur" dedi.
Haberi alınca çok şaşırdığı açıklayan Aziz Sancar ise, telefonla bağlandığı televizyon kanalında, "Bana çok güzel öğretim veren kendi memleketimdir. Bana olağanüstü tıp eğitimi verdi ve o buradaki başarımının kaynağı oldu" diye konuştu.

İsveç Kraliyet Bilimler Akademisi, İsveç Akademisi, Karolinska Enstitüsü ve Norveç Nobel Komitesi tarafından verilen Nobel ödülleri açıklandı. Nobel Kimya Ödülü'ne layık görülen üç kişi arasında Türk bilim adamı  Prof. Aziz Sancar da yer aldı.

2015 Nobel Kimya Ödülü’nü “DNA onarımı” hakkındaki bilimsel çalışmasıyla Prof. Dr. Sancar kazandı.

Sancar ödülünü aynı dalda Tomas Lindahl ve Paul Modrich ile paylaştı.  

Prof. Dr. Aziz Sancar, Lindahl ve Modrich; hücrelerin hasar gören DNA'ları nasıl onardığını ve genetik bilgisini koruduğunu haritalandıran araştırmaları sayesinde kazandı. Ödülün sahiplerinin açıklanmasının ardından Twitter'da Nobel Ödülü hesabından tweet atıldı.

Kendim ve  memleketimin çok sevindim. Çünkü bana çok güzel öğretim veren kendi memleketimdir. Bana olağanüstü tıp eğitimi verdi ve o buradaki başarımının kaynağı oldu. O bakımdan ana vatanıma çok minnettarım. Bütün Türk milletine sevgi ve selamlarımı iletiyorum.

 

"ÇOK ŞAŞIRDIM, BEKLEMİYORDUM"

 

Sancar, haberi aldıktan sonra Nobelprize.org'a verdiği röportajda ise, "Yarım saat önce bir telefon aldım. Karım açtı telefonu ve beni uyandırdı. Hiç beklemiyorum, çok şaşırdım" dedi.

 

İşte o röportaj:

 

"-Haberi nasıl öğrendiniz?

 

Yarım saat önce bir telefon aldım. Karım açtı telefonu ve beni uyandırdı. Hiç beklemiyorum, çok şaşırdım.
 

- Haberi duyduğunuzda ilk yaptığınız ne oldu?

 

Mantıklı olabilmek için elimden geleni yaptım. Uyuyordum, ama o an güzel bir deneyimdi.

-Nobel Ödülü alan ilk Türk bilim insanı olduğunuzu söylerken doğru muyum?

 

Bilim insanı. Orhan Pamuk ilk olarak birkaç yıl önce Edebiyat ödülünü almıştı.

-Kesinlikle, evet, bilim insanı olarak. Sadece Chapel Hill'de değil Türkiye'de de büyük kutlamalar olacağını tahmin ediyorum.

Olacağına eminim. Yıllardır benim ne zaman Nobel alacağımı soruyorlardı ve ben bu soruyu duymaktan yorulmuştum. Dolayısıyla ülkem için de ayrıca gurur duyuyorum."

AZİZ SANCAR KİMDİR?

 

ABD'deki Kuzey Carolina Üniversitesi Biyokimya ve Biyofizik Bölümü Öğretim Üyesi Prof. Dr. Aziz Sancar, kanser tedavisinde 'ritmik saat' buluşuna imza atarak dünyaca çapında üne kavuşmuştu. 1946 yılında Mardin'de dünyaya gelen, Sancar, 'DNA tamiri' ve 'hücre döngüsü kontrol noktası' gibi konularda yaptığı çalışmalarla da adını duyurmuştu. 

 

Prof. Dr. Aziz Sancar 1946'da Mardin Savur'da 8 kardeşin 7'ncisi olarak dünyaya geldi. Ailesinin okuma yazma bilmediği ancak çocuklarının eğitimine çok önem verdiği belirtiliyor. Sancar, 1963 yılında girdiği İstanbul Tıp Fakültesini 1971 yılında bitirdi ve eğitim için ABD'ye gitti. 1997 yılından bugüne Amerika Birleşik Devletleri North Carolina-Chapel Hill'de North Carolina Üniversitesi Biyokimya ve Biyofizik Bölümü'nde görev yapan Prof. Sancar, gerçekleştirmiş olduğu 300'e yakın bilimsel makale ve bu makalelere yapılan 12 binden fazla atıfla, bilimsel araştırmada eşine az rastlanır bir başarıya imza attı. İstanbul Tıp Fakültesi'ni bitirdikten sonra yurtdışında yaptığı çalışmalarla Amerikan Ulusal Bilimler Akademisi'ne kabul edilen Sancar, buraya kabul edilen üç Türk'ten biri olmuştu.

 

3 MİLYON TL ÖDÜL

 

8 milyon İsveç Kronu, (yaklaşık 3 milyon TL) para ödülü Alfred Nobel'in ölüm yıldönümü olan 10 Aralık'ta sahiplerine verilecek.

Nobel Edebiyat ödülünün sahibi yarın, Barış Ödülü'nün sahibi Cuma, ekonomi ödülünün sahibiyse Pazartesi günü açıklanacak.

 

AZİZ SANCAR ÇARPICI BİLGİLER VERMİŞTİ

 

Prof. Aziz Sancar 2014 yılında AA'ya konuşmuştu. Kanser tedavisindeki 'sirkadiyen saat' (Ritmik saat) buluşunu anlatmıştı. 

 

Prof. Dr. Aziz Sancar, kanser konusunda önemli çalışmalar yapıldığını belirtirken, kanser mekanizmasının  10 yıl içinde çözüleceğine inandığını söylemişti. Ancak kanserin nasıl olduğunu çözümlemenin onu tedavi etmek anlamına gelmediğine işaret eden Sancar, tedavi konusunda bir şey söylemek için erken olduğunu belirtmişti.

 

Kanserle ilgili olarak ''DNA onarımı'' konusunda çalışma yaptığını bildiren Sancar, şunları kaydetmişti;

 

''Kanser tedavisinde kullanılan ilaçların çoğu DNA'yı tahrip ediyor ve vücutta bulunan DNA onarım mekanizmaları,  o kanser hücrelerinin yaşamasını sağlıyor. Biz bu mekanizmayı anlamak, aydınlatmak için bir çalışma başlattık. Bu mekanizmayı anlayınca onu "inhibe" edip, kanser hücrelerinin normal hücrelerden daha önce öldürülmesini sağlamaya çalışacağız. DNA onarımı mekanizmasını aydınlatmak, kanser tedavisi noktasında çok önemli. Gayemiz bu mekanizmayı açıklamak.''

 

DNA ONAMIRININ MİNİMUM OLDUĞU ZAMAN TESPİT EDİLECEK

 

Sirkadiyen saat (günlük ritm) konusunda önemli bir buluş yaptıklarını bildiren Sancar, sirkadiyen saatin DNA onarımını kontrol ettiğini ifade etti. Sancar, DNA onarımının  günün belli saatlerinde arttığını, belli saatlerde de  minimum seviyeye indiğini söyledi.

 

Amaçlarının vücuttaki DNA onarımının minimum olduğu zamanı tespit edip, kanser hücrelerine ilaç verip, bu hücrelerin ölmesini sağlamak olduğunu belirten Sancar, ''HedefimizDNA onarımının ne zaman minimum ne zaman maksimum olduğunu belirleyerek, DNA onarımı potansiyelinin en az olduğu zaman ilaç tedavisi uygulayarak, hem ilacın etkisini çoğaltmak, hem de yan etkileri azaltmak'' şeklinde konuştu.

 

Bu kapsamda çalışmayı öncelikle kalın bağırsak kanseri üzerinden başlatacaklarını anlatan Sancar, ''Kalın bağırsağın biyolojisi ve DNA onarımı saatleri konusunda daha çok bilgi sahibi olmamız nedeniyle bu kanser çeşidinden çalışmalarımızı başlatacağız. Araştırma çalışmalarına 2-3 ay içinde başlıyoruz'' dedi.

Devamı...

DNA İzolasyonu nasıl yapılır

 Temelde 3 aşamadan meydana gelir;

—Hücre duvarının parçalanması.

—DNA-Protein kompleksinin çözülmesi.

—DNA’nın ortamdaki diğer moleküllerden ayrılması.

  Değişik organizmalardaki yapısal farklılıklar çeşitli izolasyon yöntemlerinin kullanılmasını gerektirebilir.

Genin Elde Edilmesi

A. İstenilen genin yer aldığı kromozom uygun Restriksiyon Endonükleaz Enzimleri ile parçalanır.

— Bu enzimler DNA’yı 6-8 taban çiftinden oluşan ve “palindrom” adı verilen özgül bölgelerden keser.

—Palindrom; DNA ipliğinin 3’ ucundan itibaren okunduğunda aynı nükleotidlerin yer aldığı DNA dizileridir.

—Enzimler DNA üzerinde 2 türlü kesi yapar. Biri yapışkan uçlar oluşturan, diğeri palindromların tam ortasından yapılan ve kör ya da küt(blunt) uçlar oluşturan kesilerdir.

B. İstenilen genler orijinal kromozomdan mekanik yol ile edilebilir.

C. Sentetik olarak elde edilebilir.

D. İstenilen gene ait mRNA’dan reverse transkriptaz enzimi yardımı ile cDNA (komplementer DNA) elde edilebilir.

DNA Parçalarının Vektörler İle Birleştirilmesi;

—Vektörler, kendilerine takılan DNA parçasını nakleden ve replike eden taşıyıcı DNA molekülleridir.

—Bir DNA molekülünün vektör olarak kullanılabilmesi için birtakım özelliklere sahip olması gerekir;

a.Kendini ve taşıdığı herhangi bir DNA parçasını bağımsız olarak replike edebilmelidir.

b.Klonlanacak DNA parçasının insersiyonuna olanak tanıyan birçok tanıma dizisi içermelidir.

c.Vektörde seçicilik sağlayan “marker genler” bulunmalıdır. Bunlar, vektör taşıyan ve taşımayan konak hücreleri ayırmak için gereklidir.

d.Vektör ve vektörün taşıdığı DNA parçası konaktan kolaylıkla ayrıştırılabilmelidir.— Konak özgüllüğü,

—Taşıdıkları parçanın büyüklüğü,

—Kopya sayıları,

—Tanıma dizilerinin sayıları,

—Marker genlerinin tipi ve sayıları

—

    gibi özellikleri açısından birçok farklı klonlama vektörü vardır.

Başlıca Vektörler;

—Plasmidler

—Bakteriyofajlar

—Cosmidler

—Bakteri Yapay Kromozomları (BAC)

—Maya Yapay Kromozomları (YAC)

—Memeli Yapay Kromozomları (MAC)

—İnsan Yapay Kromozomları (HAC)

—İfade Vektörleri

  Virüsler canlı hücrelere girebilirler ve çoğalabilirler. Bir kromozomal gen, viral genom içerisine sokulursa, gen virüs DNA’sı ile birlikte replikasyona uğrar ve çoğalır. Lambda fajının genlerinin hepsi tanımlanmış, tüm genomunun haritası çıkarılmış ve nükleotit dizisi belirlenmiştir. ʎ fajının genetik olarak değiştirilmiş suşları vektör olarak kullanılır.

Devamı...

Protein Mühendisliği Uygulamaları

    Fersht ve ark. İndole-3-glycerol phosphate synthase(IGPS) ‘den yola çıkarak phosphoribosylanthranylate isomerase(PRAI) elde etmişlerdir. Yönlendirilmiş evrimin bu çarpıcı uygulaması aynı zamanda enzim evriminde ‘conserved scaffold’ hipotezinin de test edilmesini sağlamıştır.

    Reetz ve ark. Pseudomonas  aeruginosa’dan elde edilen bir lipazın 2-metildekanoata enantio seçiciliğini yönlendirilmiş evrim tekniğini kullanarak artırmayı başarmışlardır. Mutant kütüphanesinin taranmasında  saf(R)- ya da (S)-p-nitrofenil ester kullanmışlardır. Mutant enzimde aktif merkez dışındaki beş a.asidin yer değiştirdiği ve böylece aktif merkez dışındaki loopların flexibilitesinin enantioseçiciliğe katkıda bulunduğu anlaşılmıştır.     Bir enzimin termal stabilitesindeki artışa aktivite kaybının eşlik edeceği yönündeki yaygın kanıya rağmen, psycrophilic subtilisin proteazının termal stabilitesi 60 C ye çıkarılmış ve 10 C deki aktivitesi de korunmuştur. Bu çalışmada psycrophilic ve mesophilic enzimler arasındaki %30-80 lik amino asit farklılığına karşın mutant enzimin sadece 7 amino asit değişimi içerdiği görülmüştür.(Miyazaki ve ark 2000)  Maxygen(USA) ve Novo Nordisk(Danimarka) araştırmacıları eşzamanlı olarak  family-shuffled subtilisin kütüphanesinde  dört parametre taramış- 23 C de aktivite, termal stabilite, organik çözgen toleransı ve  pH profili- herbir parametre için  dikkate değer iyileşmeler gözlemlemişlerdir.    Rasyonel protein dizaynına ilişkin örnekler ise ;

  -alfa amilazın termal stabilitesini artırmak için asparagin artıklarının uzaklaştırılması, rijid karaktere sahip prolin artığının eklenmesi ,

  - Lizozimin termal stabilitesini artrmak için disülfid köprülerinin eklenmesi,

  -3-izopropil malat dehidrogenazın termal stabilitesini artırmak için  hidrofobik çekirdeğin güçlendirilmesi,

  - Format dehidrogenazın oksidasyon stabilitesini artırmak için Met ve Cys artıklarının uzaklaştırılması ise olumlu sonuçlar vermiştir.

Devamı...

KORDON KANINDAKİ KÖK HÜCRELERİ KIYMETLİ KILAN NEDİR ?

¢Çok canlıdırlar ve değişik hücre cinslerine, vücut dokularına dönüşebilirler.

¢Gelecekte kullanım alanları için mükemmel bir altyapı oluşturmaktadırlar. Çünkü, kendi kök hücreleriyle büyütülen doku, vücudun bağışıklık sistemi tarafından atılmaz. Bundan dolayı şimdiye kadar tedavi edilemeyen hastalıkların tedavisi için yeni imkanlar sunmaktadır.

¢Kemik iliğindeki kök hücrelere göre çok daha dayanıklı ve uzun ömürlüdürler.

¢Genel olarak tümör hücresi ve virüs barındırmazlar.

¢Anne ve çocuk için basit, ağrısız ve risksiz olarak elde edilirler.

¢Ömür boyu saklanabilirler.

¢Aile içi kullanımlarda, az doku uyuşmazlıklarında dahi kullanılabilirler.

¢Embriyonal kök hücrelere kıyasla çok yönlü, ama etik olarak sakıncasızdırlar.

Devamı...

HEMATOPOETİK KÖK HÜCE KAYNAKLARI NELERDİR ?

Kemik İliği: Kök hücrelerin klasik kaynağı kemik iliğidir. 40 yıldır doktorlar kemik iliğinden, donorden anestezi altında genelde kalça kemiğinden iğne yardımı ile kemik iliği hücreleri elde etmektedirler. Bu hücrelerin her 100.000 de biri uzun vadede kan elemanlarını oluşturan kök hücrelerdir, diğerleri stromal hücreler, stromal kök hücreler, kan progenitor hücreleri, ve matür beyaz ve kırmızı hücrelerdir.

Periferik Kan: Son zamanlarda hekimler klinik transplantasyon için kök hücreleri dolaşımdaki kandan elde etmeyi tercih ediyorlar. Yıllardır dolaşımdaki kök hücre ve öncü hücre sayısı az olarak bilinirdi, fakat son 10 yılda bilim adamları kök hücrelerin kemik iliğinden dolaşıma geçmesini sağlayan granülasit stimule edici faktör gibi sitokinler yardımı ile bu sayıyı arttırdılar.Bu işlem için donöre kök hücreler elde edilmeden birkaç gün önce GCSF enjekte edilir. Hücreleri toplamak için donörün venine bir tüp takılır,kan CD34+ hücrelerini çeken bir bir filtrenin içinden geçirilir ve kırmızı hücreler tekrar hastaya verilir.

Umblikal Kord Kanı: 1980’lerin sonu ve 1990’ların başında bilim adamları insan umblikal kordon kanı ve plasentanın hemotopoetik kök hücreler açısından zengin bir kaynak olduğunu fark ettiler. Bu doku (plasenta) gebelik boyunca gelişmekte olan fetusu besler, bebekle birlikte doğar ve çöpe atılır idi. Fankoni anemili bir çocuğa yapılan başarılı bir kordon kanı transplantasyonundan sonra bu hücrelerin toplanması ve tedavide kullanımı arttı. Bugün kordon kanının çoğaltılması ve kemik iliği kök hücreleri ile arasındaki farklar ve kıyaslamalarla ilgili pek çok çalışma yürütülmektedir.Bugün kordon kanı kök hücrelerinin multiple germ tabakası hücrelerine (multipotent), hatta endoderm, ekdoderm, ve mesoderm gibi tüm germ tabakası hücrelerine (pluripotent) dönüşebileceği iddia edilmektedir.

Devamı...

Hemoglobin Nedir?

Kırmızı kan hücrelerinde (alyuvarlarda) bulunan, kanın oksijen ve karbondioksit taşıma işini yapmasında görevli,demir ihtiva eden solunum pigmenti. Alyuvarlara kırmızı rengini, sağlıklı kişilerin cildine pembe görünüşü veren bu maddedir. Omurgalılar ile bazı omurgasız hayvanların gaz taşıma pigmentidir. Diğer hayvanlar başka pigmentlere sahiptir

Hemoglobinin ana görevi dokular ile akciğer arasında oksijen ve karbondioksit taşınmasını temin etmektir. Nefes alma esnasında akciğerlere giren havanın oksijeni kandaki hemoglobin tarafından bağlanır. Hemoglobinin oksijenle yaptığı bu gevşek bileşiğe oksihemoglobin denir. Dokulara ulaştığında ise, oksijeni bırakıp karbondioksiti alır. Bu özelliğinden dolayı atardamarla gelen kan parlak kırmızı, toplardamarla dönen kan ise kirli kırmızıdır. Karbondioksit yüklenmiş kan kılcal damarlardan toplardamarlara, bunlar vasıtasıyla kalbin sağ kulakçık ve karıncığına, oradan da akciğerlere gider. Akciğerde karbondioksit serbest hale geçer ve nefes verme esnasında dışarı atılır. Dokularda teşekkül eden karbondioksitin atılmasında bir güçlük olur ve vücutta karbondioksit birikimi olursa, vücut hücrelerinin yaşamaları çok zorlaşır.

Hemoglobinin oksijen ve karbondioksit gazlarını taşıma görevi, organ ve dokuların normal görevlerini yapabilmeleri için hayati öneme sahiptir. Gaz değişimi hadisesi iki gazın dokular ve solunum havasındaki miktarlarına göre ayarlanmıştır. Akciğerlerde soluduğumuz havada oksijen fazla, karbondioksit düşük olduğundan, oksijeni alıp karbondioksiti bırakır. Dokularda ise oksijen kullanılıp karbondioksit meydana gelir. Burada fazlalaşan karbondioksit kana geçer. Bu olay, gazların kandaki kısmi basınçları ile orantılı olarak ortaya çıkan bir diffüzyon (geçişim) hadisesidir.

Hemoglobin molekülü iki kısımdan ibarettir. Birincisi vücuttaki protein havuzunda sentezlenen dört polipeptid zincirli bir protein olan globin; ikincisi ise, ortasında demir bulunduran porfirin halkalarıdır. Hemoglobinin yapısına girdiğinden demir eksikliğinde kandaki hemoglobin miktarı azalır. Hamilelikte ve çeşitli sebeplerle meydana gelen kan kayıplarında ve kansızlıklarda hekimin hastalara demirli ilaçlar tavsiye etmesinin sebebi budur.

Hemoglobin miktarı 100 mililitre kanda erkeklerde ortalama 15, kadınlarda ortalama 13 gramdır. Doğumdan hemen sonra bebekteki hemoglobin miktarı 20 gram dolaylarındadır. Bunun yarısından fazlası ayrı bir hemoglobin türü olan cenin hemoglobinidir. Yetişkinlerde bulunan asıl hemoglobin

"Hemoglobin a 1 " denilen şekildir. Bazı hemoglobin hastalarında (Hemoglobinopati) kandaki normal hemoglobin miktarı azalır ve patolojik (anormal) hemoglobinler artar.

Hemoglobinin yıkımı, yaşlanan alyuvarların parçalanmasıyla başlar. Açığa çıkan hemoglobinden önce hemkısmından globin>globin kısmı ayrılır. Hem yapısı oksidasyona uğrayarak biliverdin maddesi meydana gelir. Bumadde de bir ferment yardımı ile sarılıklarda kanda artan bilirübine dönüşür.

Sözlükte "hemoglobin" ne demek?

1. Soluk alma aygıtıyla organizmanın gözeleri arasında oksijen ve karbon gazını iletmeyi sağlayan; bileşiminde demir, azot, oksijen, hidrojen, kömür ve kükürt bulunan alyuvarların en önemli maddesi.

Hemoglobin kelimesinin ingilizcesi

n. substance in red blood cells which conveys oxygen from the lungs to body tissues
n. hemoglobin, haemoglobin [Brit.]
Köken: Fransızca

Devamı...

Cumhuriyet Üniversitesinde Mesleki Dünya Standartları Semineri

★BİYOKİMYA KULUBÜ★
★FEN FAKÜLTESİ ÖĞRENCİ TEMSİLCİLİĞİ★


YER : Fen Fakültesi Erfüz Edgüer Konferans Salonu
SAAT : 13:00
KATILIM : ****ÜCRETSİZ***

/////SEMİNERE KATILAN TÜM KATILIMCILAR TSC AKADEMİ'NİN YAPACAĞI EĞİTİM PROGRAMLARINDAN 25 TL'LİK İNDİRİM KAZANACAKTIR.////

KİMLER KATILMALI : TÜM SAĞLIK/GIDA/İLAÇ/ÇEVRE SEKTÖRÜ ÇALIŞANLARI ÖĞRENCİ VEYA MEZUNLARI

HANGİ BÖLÜMLER GELMELİ ? ;

*BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
*BİYOKİMYA BÖLÜMÜ
*KİMYA BÖLÜMÜ
*MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK BÖLÜMÜ
*VETERİNERLİK BÖLÜMÜ
*ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ
*GIDA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ
*VE SAĞLIK,İLAÇ,MEDİKAL SEKTÖRDE CALISMAK İSTEYEN TÜM ÖĞRENCİ VE MEZUNLAR

SEMİNER KONULARI ;

*DÜNYA STANDARTLARI NEDİR ?
*MESLEĞİNİZE EN UYGUN DÜNYA STANDARTLARI NELERDİR ?
*EĞİTİMLERİN ÖNEMİ
*İŞLEYİŞ
*İŞ İLANLARINDA AVANTAJLARI
*MESLEKİ YETKİNLİK
*KARİYER ALANLARI VE FIRSATLARI
*BİLİNMEYEN ÇALIŞMA ALANLARI

TSC AKADEMİ EĞİTİM KORDİNATÖRÜ ;
UZMAN BİYOLOG,GÖKHAN BÜYÜKPOLAT

Devamı...

Aminoasitlerin ince tabaka ve kağıt kromatografisi deneyi

Aminoasitlerin kromatografi deneyi

Kromatografi, bir karışımın bileşenlerini, bunlara seçimsel ilgi gösteren iki ya da daha çok evreden sistemler arasında farklı göçlerine bakarak tanımak, gerektiğinde niceliklerini belirlemek amacıyla yapılan ve ayırma işlemine dayanan analitik yöntemdir.

Kromatografi terimi başlangıçta, örneğin bitkisel pigmentlerde olduğu gibi cisimleri renklerine göre ayırma oluşmuş işleminden kaynaklandı, ama zamanla uygulama alanı oldukça genişledi.Kromatografi günümüzde son derece duyarlı ve etkin bir ayırma yöntemi olarak kabul edilmektedir. Duruma göre iki temel mekanizma uygulanır;

• Bileşikler ya iki sıvı evre arasında paylaşılır(bu durumda dağılım ya da paylaşım kromatografisinden söz edilir)
• Hareket halindeki bileşikler durağan katı bir evre yüzeyine bağlanır(bağlar yüzeysel ve fiziksel bir nitelik taşıdığında yüzde tutma kromatografisinden[tersinir bağ, bileşiğin bütünlüğünün korunması], buna karşılık hareketli ve yüzde tutulan bileşikler arasında gerçek kimyasal bağlar oluştuğunda iyon değişimi kromatografisinden söz edilir).

Kimyasal ve fiziksel özellikleri birbirine çok yakın olan bileşiklerden oluşan karışımları damıtma ve ayrımsal kristallendirme ile birbirinden ayırmak zor olabilir. Bu tür maddeler için çeşitli kromatografi yöntemleri kullanılarak başarılı ayrımlar yapılabilir.

Kromatografi, bir karışımın gözenekli bir ortamda, hareketli bir çözücü etkisiyle, karışım bileşenlerinin farklı harkeketleri sonucu birbirinden ayrılması olgusuna dayanır. Hareket eden faza hareketli faz, bahsedilen gözenekli ortama ise adsorban veya sabit faz denir.

Kromatografi olayında adsorpsiyon, dağılma ve değiştirme kuvvetleri rol oynar. Bu kuvvetlere göre de farklı kromatografik yöntemler farklı gruplarda toplanırlar.

Kromatografi Türleri

1. Adsorpsiyon Kromatografisi(Moleküllerin katı bir yüzeye yapışması, tek molekül tabakasından oluşan bir yüzey tabakasının oluşması)
   1. Sıvı - Katı : Kolon ve İnce Tabaka Kromatografisi
   2. Gaz - Katı : Gaz Kromatografisi
2. Dağılma Kromatografisi
   1. Sıvı - Sıvı : Kolon ve Kağıt Kromatografisi
   2. Gaz - Sıvı : Kolon ve Gaz Kromatografisi
3. İyon Değiştirme Kromatografisi
4. Jel Filtrasyon (Moleküler eleme) Kromatografisi
5. İyon çifti Kromatografisi
6. Afinite Kromatografısı
   
   
   
   aminoasit deneyleri aminoasitlerin kromatografi deneyi kromatografi nedir cumhuriyet üniversitesi biyokimya laboratuvarı sivas 

Devamı...

Aminoasit Titrasyonu Deneyi

AminoasitlerOrganizmada birçok fonksiyonu yerine getirirler.Bu görevler içinde en önemlisi,aminoasitlerin proteinlere ait polipeptit zincirlerinin yapıtaşları olmalarıdır.
Doğadaki sayının fazlalığına rağmen,organizmadaki proteinlerin yapısına katılan sadece 20 aminoasit bulunmaktadır.

Çeşitli insan proteinlerinin hepsinin primer yapıları genetik kod tarafından belirlenmiş lineer bir sırayla 20 aminoasitten sentezlenerek düzenlenir.Bunlar,DNA tarafından kodlanabilen aminoasitlerdir.
Proteinlerde bulunan 20 standart aminoasitin hepsi de a-amino asittir.
Bu isimlendirmenin nedeni,aminoasitlerde amino grubunun a -karbon atomuna bağlanmış olmasıdır. a -karbon atomu,karboksil grubundan sonraki ilk karbon atomuna verilen addır.

Aminoasitlerin genel yapısı 
Protein sentezinde kullanılan aminoasitlerin her biri aynı genel yapıya sahiptir.Bunlar,bir karboksilik asit grubu,amino grubu,hidrojen atomu ve R grubu olarak adlandırılan ve her amino asit için farklı olan grup.
4 farklı grupla bağ yapan bu karbon atomu asimetrik karbon atomu olarak adlandırılır. Asimetrik karbonlar kiral merkezler olarak adlandırılır.
 
Glisin dışındaki tüm aminoasitlerde a -karbon atomu 4 farklı grupla bağ yapar,glisinde R grubu bir diğer hidrojen atomudur.

Asimetrik karbon atomuna sahip aminoasitler optikçe aktiftir,yani düzlemsel polarize ışığı çevirirler.Dört farklı grubun  -karbon atomu çevresinde tetrahedral konuşlanışı amino asitlere optik etkinlik kazandırmaktadır.

Polarize ışığı sağa veya sola çevirmelerine göre aminoasitler L(levorotator) ve D(dextrorotator) olarak sınıflandırılmalarına rağmen,3 karbonlu şeker olan gliseraldehit örnek alınarak yapılan D L sisteminde,L-gliseraldehitle konfigürasyon benzerliği olanlar L-amino asit olarak adlandırılmıştır.
  
Bu nedenle,proteinlerde bulunan amino asitelerin bazıları polarize ışığı sağa veya sola çevirmelerine karşın hepsi L-gliseraldehitin mutlak konuşuna sahiptir,yani L- a -aminoaistlerdir.

D-aminoasit kalıntıları ise,bazı peptit antibiyotiklerde,bakteri hücre duvarında bulunabilir.

RS Sistemi

Birden fazla kiral merkez içeren bileşikler için RS sistemi terminolojisi daha yararlıdır.

Kiral atomu en düşük önceliğe sahip grup,en uzak noktada kalacak şekilde gözlemlenir.Eğer diğer 3 grubun önceliği saat yönü dizilişinde azalıyorsa,konfigürasyon R(rectus,sağ), saat yönünün tersine bir diziliş varsa konfigürasyon S(sinister,sol) olarak adlandırılır.

Bu sistemlerin amacı,asimetrik karbon atomunun 4 bağlantısının mutlak(bağıl) şekli için özel bir bilimsel sınıflandırma yapılmasıdır.

Bir tetrahedral karbon atomuna bağlı 4 farklı yer değiştiren grup uzayda,benzer veya aynı kimyasal özellikleri olan,ancak belirli fizyolojik ve biyolojik özellikleri farklılaşan iki stereoizomere yol açarak iki farklı şekilde düzenlenebilir.

Bir karbon atomu 4 farklı yer değiştiren gruba sahipse,ayna görüntüsü birbiri ile çakışmayan iki formda düzenlenebilir.Buna enantiyomer denir.
Birbirinin ayna görüntüsü olmayan stereoizomer çiftleri diyastomer olarak adlandırılır
  
Proteinlerde bu amino asitler,bir amino asitin karboksilik asit grubuyla sonraki aminoasitin amino grubu arasında oluşan peptit bağlarıyla,polipeptit zincirleri denen lineer polimerler oluşturmak üzere birleşir.
 
Amino asitlerin sınıflandırılması
Amino asitlerde bulunan R değişken grubunun kimyasal özellikleri bağ tiplerini ve bir polipeptit zincirindeki her bir amino asitin diğer moleküllerle olabilecek etkileşimlerini belirler.

Proteinlerdeki amino asitler,a-karbon atomlarına bağlı R gruplarının polar olup olmadığı temeline göre iki geniş gruba ayrılabilir.
 
* Polar(hidrofilik aminoasitler):
-su ile hidrojen bağları oluşturabilirler.
-bu nedenle proteinlerin su ile temas eden dış yüzünde bulunma eğilimindedirler.
* Nonpolar(hidrofobik)aminoasitler ise;
Su ile hidrojen bağı oluşturamazlar, proteinlerin iç yüzünde bulunurlar.

R gruplarının pozitif veya negatif yüklü olmasına göre,aminoasitler asidik veya bazik olarak da sınıflandırılırlar.Buna göre;

İkinci bir amino grubu taşıyan lizin,pozitif yüklü guanidin grubu taşıyan arjinin ve imidazol grubu taşıyan histidin pH:7’de pozitif yüklü R-grubu taşıyan aminoasitlerdir.
  

Buna karşılık,ikinci bir karboksil grubuna sahip aspartat ve glutamat,pH:7’de negatif net yüke sahiptir yani asidik aminoasitlerdir.
 
Alifatik amino asitler

Alifatik amino asitler,yan zincirlerinde(R) heteroatom(O,N,S) taşımayan ve halka yapısı göstermeyen aminoasitlerdir??

Bunlar:glisin,alanin,valine,lösin ve isolösindir.
Aromatik Amino Asitler
 
Aromatik halka,üç konjuge çift bağlı altı üyeli karbon-hidrojen halkasıdır.
Aromatik halkaya sahip amino asitler; 
*Fenilalanin(benzen halkası), 
*Tirozin(fenol grubu),
*Triptofan(indol halkası),
*Histidin(imidazol grubu).

Aromatik amino asitlerin ortak özelliği,

240-270nm dalga boyundaki UV ışığı absorbe etmeleridir.

Triptofan,en kuvvetli absorblama kapasitesine sahiptir.

Hidroksil grubu içeren aminoasitler
   
Serin
Treonin
Tirozin

*Her hangi bir bileşik hidroksil grubu içeriyorsa,o bileşik polardır.Bunlar su ile hidrojen bağı oluşturabildikleri için proteinlerin suyla temas eden dış yüzünde bulunma eğilimindedirler.
Sülfür içeren amino asitler
  
>Sistein:
-sülfidril grubu içerir.Disülfid bağı oluşturur
>Metionin:
-metil grubu içerir.Esansiyel a.a.’tir.

Aminoasitler,amfoterik özelliğe sahiptir, bir başka deyişle çözeltinin H iyon konsantrasyonuna göre asit ya da baz olarak fonksiyon görürler.Bu nitelikleri karbonil gruplarının proton verebilme, buna karşın amino gruplarının proton alabilme yeteneğinden kazanılır.

Her amino asit,kendilerine özgü bir pH noktasında eşit sayıda negatif ve pozitif yüke sahiptir.Amino asitlerin yüksüz formda bulundukları bu pH değerine izoelektrik nokta adı verilir.

pKa değeri,asitlerin ayrışma sabitinin negatif logaritmasıdır.pKa değeri düşük asitler,kuvvetli asitlerdir.

Histidin,sahip olduğu imidazol protonuna ait pK’nın kendisine pH:7’de baz veya asit gibi davranabilme yetisi vermektedir.

Bu nedenle fizyolojik pH’da histidin en güçlü tampon görevi gören aminoasittir.

Hemoglobinin yapısında bulunması bu açıdan önem taşımaktadır.

Asidik ve bazik niteliklerinin yaklaşık olarak eşit olması nedeniyle,nötral aminoasitler sulu çözeltilerinde nötral reaksiyon verirler.Örnek olarak glisinin değişik pH değerli çözeltilerdeki titrasyon eğrisi görülmektedir.
 
Titrasyon eğrisinin değerlendirilmesinden asidik ve bazik grupların dissosiasyon sabitleri(pK) ve izoelektrik noktaları ortaya konulabilir.

Standart dışı aminoasitler

Bilinen 20 aminoasidin dışında, protein yapısına katılan ve bilinen aminoasitlerin modifikasyonuyla oluşan aminoasitler de vardır.

Bunlardan bazıları;
*4-hidroksiprolin ve 5-hidroksilizin: kollajenin yapısında bulunurlar.
*6-N-metillizin:kasın kontraktil proteini olan miyozinin bileşenidir.

Bir diğer önemli standart dışı aminoasit,
γ-karboksiglutamat’tır.Bu aminoasit kan pıhtılaşma proteini olan protrombinin yapısında ve biyolojik fonksiyon olarak Ca bağlayan proteinlerin yapısında bulunur.

Aminoasitlerin varlığının saptanması ve ayrıştırılması

Ninhidrin reaksiyonu amino asitlerin saptanmasında duyarlılığı ve spesifitesi nedeniyle büyük pratik öneme sahiptir.

Amino asit ninhidrin ile reaksiyona girerse aminoasit 1 C atomu eksik aldehide oksitlenirken,1 mol CO2 ve NH3 serbest kalır.Daha sonra 1 mol ninhidrin,1 mol redükte ninhidrin ve NH3 tekrar reaksiyona girer,mavi menekşe renk oluşur.

Bu kompleksin renginin spektrofotometrik yöntemlerle ölçümü sonucu ortamdaki aminoasit konsantrasyonu belirlenebilir.

Aminoasitleri ayıran çeşitli yöntemler

Kağıt kromatografisi

İnce tabaka kromatografisi

Yüksek performanslı likit kromatografi(HPLC)

İyon değiştirici kromatografi

Jel filtrasyon kromatografi

Yüksek voltajlı elektroforez



aminoasitler, doğal aminoasitler sentetik amino asitler,aminoasitlerin titrasyonu deneyi sonuç raporu hazırlık raporu biyokimya 1 laboratuvarı sivas cumhuriyet üniversitesi biyokimya aminoasitler biyokimya vize soruları

Devamı...